Η Παναγία του Μπούργκου βρίσκεται στο αστικό τμήμα της μεσαιωνικής πόλης, στην λεγόμενη Πύλη της Παναγίας. Η ανοικοδόμησή της χρονολογείται από την εποχή του Μεγάλου Μαγίστρου Villeneuve , τον 14ο αιώνα.

Κατά την διάρκεια της Ιπποτοκρατίας χτίστηκαν έξι παρεκκλήσια στον περιβάλλοντα χώρο και ανοίχτηκαν εφτά αψιδωτοί τάφοι στον βόρειο τοίχο της εκκλησίας. Σήμερα, δυστυχώς, σώζονται μόνο οι τρεις αψίδες και τμήματα των παρεκκλησιών. Σύμφωνα με πρόσφατες αρχαιολογικές έρευνες ο ναός πρέπει να βρισκόταν σε χρήση μέχρι την αρχή του 16ου αι. και μάλλον καταστράφηκε κατά την πολιορκία του 1522. Ο ναός ήταν καθολικός, όπως φαίνεται από τη μορφή και τα χαρακτηρισικά του. Κατά πάσα πιθανότητα υπήρξε ένα από τα πρώτα κτήρια που κατασκεύασαν οι ιππότες για την εξυπηρέτησή τους